Gedurende de volledige analyse is het van belang verbanden te leggen. Het gesprek, het lichamelijke onderzoek en de beeldvormende onderzoeken vullen elkaar aan om tot een volledige diagnose te kunnen komen. Vervolgens kan dan samen met de patiente een behandelplan worden gemaakt, waarbij bv ook bijwerkingen van (eerdere) behandelingen of risico's van operatieve behandeling een belangrijke factor zijn.
Medicamenteuze opties zijn vaak hormonale behandeling, erop gericht de activiteit van de endometriose te onderdrukken. Veel gekozen middelen zijn de (anticonceptie)pil, een spiraal met hormonen, een implantatiestaafje of de prikpil. Staat pijn op de voorgrond dan kan ook pijnstilling gebruikt worden.
Soms ook wordt operatieve behandeling geadviseerd. Dit wordt doorgaans middels een kijkoperatie gedaan. Door een paar kleine gaatjes in de buik kan endometriose worden verwijderd. De inhoudelijke operatie en daarbij passende risico's zijn sterk afhankelijk van de uitgebreidheid en locatie van de endometriose. Waar nodig opereert de uroloog of darmchirurg mee.
Los van behandelingen die direct tegen endometriose gericht zijn, zijn er ook mogelijke opties om indirect tot klachtenvermindering te komen. Bijvoorbeeld door aanpassing van dieet bij darmklachten of bekkenbodemfysiotherapie bij bv pijn met geslachtsgemeenschap. Ook psychologische begeleiding of mindfulness kunnen bijdragen tot het draaglijk maken van de aandoening.
